Minchat Shai, Bereishit 1:2

 Here is Bereishit 1:2:

וְהָאָ֗רֶץ הָיְתָ֥ה תֹ֙הוּ֙ וָבֹ֔הוּ וְחֹ֖שֶׁךְ עַל־פְּנֵ֣י תְה֑וֹם וְר֣וּחַ אֱלֹהִ֔ים מְרַחֶ֖פֶת עַל־פְּנֵ֥י הַמָּֽיִם׃

Minchat Shai writes:

ורוח אלהים. כתב בעל הטורים שנים דסמיכי הכא ואידך ורוח לבשה את עמשי (ד"ה א' י"ב) קרי ביה הכא נמי ורוח אלהים לבשה וגו'. ותימא גדולה על דבריו. כי אין דרך המסורת למסור סימן במה שלא נמצא בכתוב ולומר קרי ביה. ובלי ספק שנוסחא משובשת נזדמנה לפניו והנוסחא האמיתית היא ורוח אלהים לבשה את זכריה (ד"ה ב' כ"ד). וכן כתב מוהר"ר מאיר אנגיל במסורת הברית הגדול. ומה שנמסר בפ' ויקהל רוח אלהים ה' בלישנא. היינו כל הכתובים רוח אלהים בין בוא"ו בין בלא וא"ו כמו שמונה והולך שם:

To analyze this piece by piece. 

ורוח אלהים. כתב בעל הטורים שנים דסמיכי הכא ואידך ורוח לבשה את עמשי (ד"ה א' י"ב) קרי ביה הכא נמי ורוח אלהים לבשה וגו'. 

On the phrase  וְר֣וּחַ אֱלֹהִ֔ים, the Baal HaTurim writes in our digital edition:

"וְרוּחַ אֱלֹהִים" – ב' דסמיכי. הכא, ואידך: "וְרוּחַ אֱלֹהִים לָבְשָׁה אֶת זְכַרְיָה" (דברי הימים ב כד כ). קרי ביה הכא נמי: "וְרוּחַ אֱלֹהִים לָבְשָׁה". פירוש, שעל ידי לבושו אמר "וַיְהִי אוֹר", דכתיב בתריה: "וַיֹּאמֶר אֱלֹהִים יְהִי אוֹר". וזה הוא שדרשו רז"ל (ב"ר פרשה ג): ממעטה לבושו נבראת האורה.

And the spirit of God: [This phrase appears] two [times] as a relational [or possessive phrase]. Here, and the other one is (II Chronicles 24:20) "and the spirit of God clothed Zecharya." One could here too read [as if it was written], "and the spirit of God clothed;" the explanation [of which] is that because of His clothing, He said, "let there be light," after which is written, "and there was light." This is what our Rabbis, of blessed memory, expounded (Bereishit Rabbah 3:4), "from a little of his clothing, He created light."

But Minchat Shai has a different version of Minchat Shai, which he will propose to emend. Minchat Shai summarizes Baal HaTurim that, like a masoretic note, that there are two in construct form (the Spirit of God), namely here and I Divrei Hayamim 12:19, וְר֣וּחַ לָֽבְשָׁ֗ה אֶת־עֲמָשַׂי֮, "Then the spirit clothed Amasai". To explain, we should read it here as if it were "then the spirit of God clothed", etc.

ותימא גדולה על דבריו. כי אין דרך המסורת למסור סימן במה שלא נמצא בכתוב ולומר קרי ביה. 

And Baal HaTurim's words are astonishing, because it isn't the way of the Masoret to record a mnemonic about what is not found in the Scriptures and to say, "read it as if it said this".

ובלי ספק שנוסחא משובשת נזדמנה לפניו והנוסחא האמיתית היא ורוח אלהים לבשה את זכריה (ד"ה ב' כ"ד). 

And doubtless, a mistaken nusach came before the Baal HaTurim, while the true nusach would be to point to II Divrei Hayamim 24:20, which does have וְרוּחַ אֱלֹהִים לָבְשָׁה. 

(The digital text of Baal HaTurim, which corrected the pointed-to text, makes no sense, for why would we read a text which actually has veruach Elokim as if it said veruach Elokim?)

 וכן כתב מוהר"ר מאיר אנגיל במסורת הברית הגדול. 

So did Rabbi Meir Engel write in Masoret HaBrit HaGadol:

ומה שנמסר בפ' ויקהל רוח אלהים ה' בלישנא. היינו כל הכתובים רוח אלהים בין בוא"ו בין בלא וא"ו כמו שמונה והולך שם:

Meanwhile, regarding the masoretic note in parashat Vayakhel which reads רוח אלהים, there are five with this language, these are all the verses with רוח אלהים, whether with or without a vav, as he will enumerate and detail there.

Minchat Shai, Bereishit 1:1

Here is Bereishit 1:1:

בְּרֵאשִׁ֖ית בָּרָ֣א אֱלֹהִ֑ים אֵ֥ת הַשָּׁמַ֖יִם וְאֵ֥ת הָאָֽרֶץ׃

Minchat Shai comments:

בְּרֵאשִׁית דגש הבי"ת עם טפחא תחת השי"ן. ב' רבתי. ובראש השיטה ובראש הדף וזו היא בי"ת של בי"ה שמ"ו. עיין ברבינו בחיי פ' בשלח וריקנאטי ריש פ' בראשית ובפי' שערי אורה למהר"ר מתתיה דלאקרט ז"ל במדה ראשונה על מלת ואת:

To analyze this, piece by piece.

דגש הבי"ת עם טפחא תחת השי"ן

The bet gets a dagesh. This is obvious and unsurprising, as a straightforward application of the rule that beged kefet at the start of a word will take a dagesh kal, indicating that it is the plosive rather than fricative. So, it is a bet rather than bhet.

עם טפחא תחת השי"ן.

Is this obvious, or are there contrary texts? I'll point to William Wickes (in A Treatise on the accentuation of the twenty-one so-called Prose books of the Old Testament), page 32, who asserts that the rules of trup, if only looking to the logical (followed by syntactic division) would have been other than what we have, but the etnachta is placed on Elokim for emphasis. Otherwise, presumably, the logical division would be on Bereishit. 

Once the etnachta is on Elokim, the syntactic division would separate of the PP (prepositional phrase) from the VP (verb phrase), and one or two words away from the etnachta, we can have a tipcha as the disjunctive accent. This all follows from a modern analysis of trup, which isn't necessarily what would motivate Minchat Shai. More likely, it is simply that this is the very first word of Tanach, so gets focus.

 ב' רבתי. ובראש השיטה ובראש הדף וזו היא בי"ת של בי"ה שמ"ו

An enlarged bet. And this is at the start of a line, at the start of a column. And this is the bet of the mnemonic of  בי"ה שמ"ו, (a quote of Tehillim 68:5) which are letters that start columns. These are:

YUD - Bereshit 49:8

HEH - Shemot 14:28

SHIN - dispute. See Minchat Shai to Vayikra 18:8

MEM - dispute. See Minchat Shai to Bemidbar 24:5

VAV - Devarim 31:28.

 עיין ברבינו בחיי פ' בשלח

This is to explain the masoretic note. Rabbenu Bachya on Shemot 14:28 begins:

הבאים אחריהם בים. משפט ס"ת להיות ששה בריש דפין והסימן הוא בי"ה שמ"ו. ואלו הם, ב'ראשית, י'הודה אתה יודוך, ה'באים אחריהם, ש'מור ושמעת, מ'צא שפתיך, ו'אעידה בם,

and Rabbenu Bachya proceeds to offer a reason. The SHIN would be Devarim 12:28, the MEM would be Devarim 23:24, and the YUD would be Devarim 31:28.

וריקנאטי ריש פ' בראשית

Recanati at the start of Bereshit discusses, from a kabbalistic perspective, why the Torah begins with the letter bet.

ובפי' שערי אורה למהר"ר מתתיה דלאקרט ז"ל במדה ראשונה על מלת ואת

And in Shaarei Ora, from Rabbi Matitya Delecrut (with R' Yosef Gikatillia), in the midda rishona, on the word ve'et.  (Another kabbalistic work. unsure what it says there.)