Minchat Shai, Bereishit 1:2

 Here is Bereishit 1:2:

וְהָאָ֗רֶץ הָיְתָ֥ה תֹ֙הוּ֙ וָבֹ֔הוּ וְחֹ֖שֶׁךְ עַל־פְּנֵ֣י תְה֑וֹם וְר֣וּחַ אֱלֹהִ֔ים מְרַחֶ֖פֶת עַל־פְּנֵ֥י הַמָּֽיִם׃

Minchat Shai writes:

ורוח אלהים. כתב בעל הטורים שנים דסמיכי הכא ואידך ורוח לבשה את עמשי (ד"ה א' י"ב) קרי ביה הכא נמי ורוח אלהים לבשה וגו'. ותימא גדולה על דבריו. כי אין דרך המסורת למסור סימן במה שלא נמצא בכתוב ולומר קרי ביה. ובלי ספק שנוסחא משובשת נזדמנה לפניו והנוסחא האמיתית היא ורוח אלהים לבשה את זכריה (ד"ה ב' כ"ד). וכן כתב מוהר"ר מאיר אנגיל במסורת הברית הגדול. ומה שנמסר בפ' ויקהל רוח אלהים ה' בלישנא. היינו כל הכתובים רוח אלהים בין בוא"ו בין בלא וא"ו כמו שמונה והולך שם:

To analyze this piece by piece. 

ורוח אלהים. כתב בעל הטורים שנים דסמיכי הכא ואידך ורוח לבשה את עמשי (ד"ה א' י"ב) קרי ביה הכא נמי ורוח אלהים לבשה וגו'. 

On the phrase  וְר֣וּחַ אֱלֹהִ֔ים, the Baal HaTurim writes in our digital edition:

"וְרוּחַ אֱלֹהִים" – ב' דסמיכי. הכא, ואידך: "וְרוּחַ אֱלֹהִים לָבְשָׁה אֶת זְכַרְיָה" (דברי הימים ב כד כ). קרי ביה הכא נמי: "וְרוּחַ אֱלֹהִים לָבְשָׁה". פירוש, שעל ידי לבושו אמר "וַיְהִי אוֹר", דכתיב בתריה: "וַיֹּאמֶר אֱלֹהִים יְהִי אוֹר". וזה הוא שדרשו רז"ל (ב"ר פרשה ג): ממעטה לבושו נבראת האורה.

And the spirit of God: [This phrase appears] two [times] as a relational [or possessive phrase]. Here, and the other one is (II Chronicles 24:20) "and the spirit of God clothed Zecharya." One could here too read [as if it was written], "and the spirit of God clothed;" the explanation [of which] is that because of His clothing, He said, "let there be light," after which is written, "and there was light." This is what our Rabbis, of blessed memory, expounded (Bereishit Rabbah 3:4), "from a little of his clothing, He created light."

But Minchat Shai has a different version of Minchat Shai, which he will propose to emend. Minchat Shai summarizes Baal HaTurim that, like a masoretic note, that there are two in construct form (the Spirit of God), namely here and I Divrei Hayamim 12:19, וְר֣וּחַ לָֽבְשָׁ֗ה אֶת־עֲמָשַׂי֮, "Then the spirit clothed Amasai". To explain, we should read it here as if it were "then the spirit of God clothed", etc.

ותימא גדולה על דבריו. כי אין דרך המסורת למסור סימן במה שלא נמצא בכתוב ולומר קרי ביה. 

And Baal HaTurim's words are astonishing, because it isn't the way of the Masoret to record a mnemonic about what is not found in the Scriptures and to say, "read it as if it said this".

ובלי ספק שנוסחא משובשת נזדמנה לפניו והנוסחא האמיתית היא ורוח אלהים לבשה את זכריה (ד"ה ב' כ"ד). 

And doubtless, a mistaken nusach came before the Baal HaTurim, while the true nusach would be to point to II Divrei Hayamim 24:20, which does have וְרוּחַ אֱלֹהִים לָבְשָׁה. 

(The digital text of Baal HaTurim, which corrected the pointed-to text, makes no sense, for why would we read a text which actually has veruach Elokim as if it said veruach Elokim?)

 וכן כתב מוהר"ר מאיר אנגיל במסורת הברית הגדול. 

So did Rabbi Meir Engel write in Masoret HaBrit HaGadol:

ומה שנמסר בפ' ויקהל רוח אלהים ה' בלישנא. היינו כל הכתובים רוח אלהים בין בוא"ו בין בלא וא"ו כמו שמונה והולך שם:

Meanwhile, regarding the masoretic note in parashat Vayakhel which reads רוח אלהים, there are five with this language, these are all the verses with רוח אלהים, whether with or without a vav, as he will enumerate and detail there.